Σκοπός του Ιδρύματος είναι η ανάπτυξη σύγχρονων ειδικοτήτων, που δεν υπάρχουν σε άλλα ιδρύματα, η ανάπτυξη έρευνας σε προηγμένες τεχνολογίες καθώς και η στενή συνεργασία με τις βιομηχανικές και λοιπές παραγωγικές μονάδες της χώρας. Το Πολυτεχνείο Κρήτης ανήκει στα Ιδρύματα της Ελλάδας με τους υψηλότερους αριθμούς ερευνητικών δημοσιεύσεων σε διεθνή περιοδικά ανά καθηγητή.
Η Σχολή ΜηχΟΠ είναι ιδιαίτερα δραστήριο στη διεξαγωγή βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας. Τα ερευνητικά και αναπτυξιακά προγράμματα χρηματοδοτούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση, τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, το Υπουργείο Παιδείας, το Υπουργείο Εργασίας, την Περιφέρεια Κρήτης, Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης και πληθώρα ιδιωτικών επιχειρήσεων.
Στα 35 χρόνια λειτουργίας της η Σχολή έχει συμμετάσχει σε περισσότερα από 350 ερευνητικά προγράμματα που χρηματοδοτήθηκαν από την Ευρωαπαική Ένωση, διεθνείς οργανισμούς, δημόσιους εθνικούς και ιδιωτικούς φορείς.